Asociación del Fútbol Argentino (1939-presente) 

En 1939 Newell's Old Boys solicita su incorporación a los torneos nacionales de la Asociación del Fútbol Argentino. La AFA decide otorgarle el permiso, mediante el cual lograría formar parte de sus campeonatos a partir de ese año (también se incorporaría su clásico rival, Rosario Central).

Cabe destacar que simultáneamente a los torneos nacionales de AFA, Newell's Old Boys continua disputando los torneos locales pertenecientes a la Asociación Rosarina con equipos alternativos, como se mencionó anteriormente. Esto se debe a que, en reconocimiento a sus méritos deportivos y a su importancia a nivel nacional,su primer equipo disputa los campeonatos de AFA y a raíz de esto en la Asociación Rosarina (su liga de origen) presenta un equipo alternativo conformado por futbolistas amateur.